אגב הנידון באמירת 'אמן יהא שמיה רבא מברך' באמצע התפילה, מביא הרי"ף נידונים ממסכתות אחרות בענין זה: גַּרְסִינָן – שנינו בְּפֶרֶק כָּל כִּתְבֵי הַקֹּדֶשׁ (שבת קיט:), אָמַר רַבִּי יְהוֹשֻׁעַ בֶּן לֵוִי, כָּל הָעוֹנֶה 'אָמֵן יְהֵא שְׁמֵיהּ רַבָּא מְבָרַךְ' בְּכָל כֹּחוֹ – בכל כוונתו [וכיון שיש בני אדם שכוונתם מתעוררת על ידי אמירה בקול, נקטו לשון 'בכל כוחו', אבל אין צריך לצעוק בקול גדול. (רבינו יונה)], קוֹרְעִין לוֹ גְּזַר דִּינוֹ שֶׁל שִׁבְעִים שָׁנָה – אפילו אם נגזר עליו מנעוריו שיהיו לו שבעים שנות רעה (רש"י לא:), מבטלים זאת ממנו, ולומדים זאת מהפסוק, שֶׁנֶּאֱמַר בשירת דבורה (שופטים ה, ב) 'בִּפְרֹעַ פְּרָעוֹת בְּיִשְׂרָאֵל בְּהִתְנַדֵּב עָם בָּרֲכוּ ה", ויש לדרוש זאת כך, 'בִּפְרוֹעַ פְּרָעוֹת בְּיִשְׂרָאֵל' – כשהתבטלו פורענויות שנגזרו על ישראל ['בפרוע', לשון ביטול], מַה טַעַם – מדוע התבטלו, מִשּׁוּם דְּ'הִתְנַדֵּב עָם בָרְכוּ ה" – משום שהתנדבו ישראל לברך את בוראם, והיינו אמירת 'אמן יהא שמיה רבא מברך'.
אגב הנידון שהובא לעיל בענין אמירת 'מודים' על ידי הציבור עם השליח ציבור, בחזרת הש"צ, מביא הרי"ף כאן את סוגיית הגמרא במסכת סוטה בענין נוסח 'מודים' שאומר הציבור: גַּרְסִינָן בְּמסכת סוֹטָה (מ.), בִּזְמַן שֶׁשְּׁלִיחַ צִיבּוּר אוֹמֵר 'מוֹדִים', הָעָם השומעים אותו, מַה הֵם אוֹמְרִים אַחֲרָיו, ומשיבה הגמרא, אומרים הם 'מוֹדִים אֲנַחְנוּ לְךָ ה' אֱלֹהֵינוּ, עַל שֶׁאֲנַחְנוּ מוֹדִים לָךְ', כלומר, מודים אנו לה' על שנתן בליבנו להיות דבוקים בו ומודים לו. וּשְׁמוּאֵל אָמַר, שיש להוסיף ולומר 'מודים אנחנו לך ה' אֱלֹהֵינוּ וֵאלֹהֵי כָּל בָּשָׂר עַל שֶׁאֲנַחְנוּ מוֹדִים לָךְ'. רַבִּי סִימָאִי מוסיף ואוֹמֵר עוד, 'יוֹצְרֵנוּ יוֹצֵר בְּרֵאשִׁית, עַל שֶׁאֲנַחְנוּ מוֹדִים לָךְ'. נְהַרְדָּעֵי – בני ישיבת נהרדעא אָמְרֵי מִשּׁוּם [-בשם] רַבִּי סִימָאִי, שיש להוסיף ולומר 'בְּרָכוֹת וְהוֹדָאוֹת לְשִׁמְךָ הַגָּדוֹל, עַל שֶׁהֶחֱיִיתָנוּ וְקִיַּמְתָּנוּ'. רַב אַחָא בַּר יַעֲקֹב, מְסַיֵים בָּהּ הָכִי – היה אומר בסיום ברכה זו כך 'כֵּן תְּחַיֵּינוּ וּתְחָנֵנוּ וּתְקַבְּצֵנוּ וּתְקַבֵּץ גָּלֻיּוֹתֵינוּ לְחַצְרוֹת קָדְשֶׁךָ, לִשְׁמוֹר חֻקֶּיךָ וּלְעָבְדְּךָ וְלַעֲשׂוֹת רְצוֹנְךָ, עַל שֶׁאֲנַחְנוּ מוֹדִים לָךְ'.
מסיקה הגמרא, אָמַר רַב פָּפָּא, הִלְכָּךְ – כיון שכל אחד מהאמוראים היה מוסיף נוסח לברכה זו, נֵימְרִינְהוּ לְּכוּלְּהוּ – יש לומר בברכת 'מודים' את כל הנוסחאות שהובאו לעיל, ומבאר הרי"ף, דְּנֵימָא הָכִי – שיאמר האדם כך, 'מוֹדִים אֲנַחְנוּ לְךָ ה' אֱלֹהֵינוּ וֵאלֹהֵי כָּל בָּשָׂר, יוֹצְרֵנוּ יוֹצֵר בְּרֵאשִׁית, בְּרָכוֹת וְהוֹדָאוֹת לְשִׁמְךָ הַגָּדוֹל עַל שֶׁהֶחֱיִיתָנוּ וְקִיַּמְתָּנוּ, כֵּן תְּחַיֵּינוּ וּתְחָנֵנוּ וּתְקַבְּצֵנוּ וְתֶאֱסֹף גָּלֻיּוֹתֵינוּ לְחַצְרוֹת קָדְשֶׁךָ, לִשְׁמוֹר חֻקֶּיךָ וּלְעָבְדְּךָ וְלַעֲשׂוֹת רְצוֹנְךָ בְּלֵבָב שָׁלֵם, עַל שֶׁאֲנַחְנוּ מוֹדִים לְךָ', [ובירושלמי נוספה החתימה 'ברוך אתה ה' אל ההודאות', אמנם כיון שבבבלי לא הובא סיום זה, יש לחתום בלא שם ה', אלא לומר 'ברוך אל ההודאות' (בית יוסף)], וכיון שנוסח זה מורכב מהוספות שונות שהוסיפו כמה אמוראים, מכונה הוא 'מודים דרבנן', והיינו נוסח מודים שתוקן על ידי כמה מרבותינו (בית יוסף).
אגב הדינים שהובאו לעיל בענין אדם הנכנס לבית הכנסת בשעה שהציבור מתפללים 'שמונה עשרה', מביא בזה הרי"ף דין נוסף: כָּתַב רַבֵּינוּ הַאי גָּאוֹן זצ"ל, דְּמִנְהָגָא דְּרַבָּנָן – שכך הוא מנהג החכמים, כַּד עַיִיל אִינִישׁ לְבֵי כְנִישְׁתָּא – כאשר נכנס האדם לבית הכנסת, וְאַשְׁכַּח צִבּוּרָא דְּמַצְלוּ בְּלַחֲשָׁא – ומוצא את הציבור עומדים בתפילת לחש של שמונה עשרה, לא יתחיל בתפילתו עתה, אלא מנהגם היה דְּמִעַכֵּב עַד דִּמְסַיְימֵי – שמתעכב וממתין בשתיקה עד שיסיימו את תפילת הלחש, וְכַד פָּתַח שְׁלִיחָא דְּצִיבּוּרָא – וכאשר פותח שליח הציבור את חזרת הש"צ, מַתְחִיל האדם 'ה' שְׂפָתַי תִפְתָּח', וְאוֹמֵר בַּהֲדֵי שְׁלִיחָא דְּצִיבּוּרָא מִילְּתָא בְּלַחַשָׁא – ומתפלל יחד עם שליח הציבור את תפילתו בלחש, וְעָנִי קְדוּשָׁה בַּהֲדֵי צִבּוּרָא – ואומר 'קדושה' יחד עם הציבור, וְשַׁפִּיר דָּמִי לְמֶעְבַּד הָכִי, דְּלֵית בָּהּ הַפְסָקָה – וכך ראוי לעשות, שהרי על ידי זה אינו צריך להפסיק בתפילתו, לפי שאמירת הקדושה בתפילה אינה נחשבת הפסקה, כיון שאומרה במקום הראוי לה.
ומבאר הרי"ף לפי זה: וְהָא דְּאָמוּר רַבָּנָן – ומה שאמרו האמוראים לעיל, שאִם יָכוֹל לְהַתְחִיל וְלִגְמֹר קודם מודים או קודם קדושה, יעשה כן, אין זו קושיא על דברי רב האי גאון, אלא כוונתם דהֵיכִי דְּמַתְחִיל מִקַמֵּי שְׁלִיחַ צִבּוּר – שאם מתחיל הוא את תפילתו קודם חזרת הש"צ, צריך להקפיד שיסיים לפני קדושה או מודים, אֲבָל כַּד מַתְחִיל בַּהֲדֵי שְׁלִיחַ צִבּוּר – אך אם מתחיל הוא את תפילתו יחד עם שליח הציבור, שַׁפִּיר דָּמִי – ראוי הדבר, ואין בכך כל חסרון.
