פרק א, משנה ו: על טומאת מקדש וקדשיו שנעשתה במזיד, מכפר השעיר הנעשה בפנים ויום הכפורים עצמו. ועל שאר כל העבירות שבתורה, הקלות [עשה ולא תעשה] והחמורות [חייבי כריתות ומיתות בית דין], הזדונות והשגגות, בין שנודע לו החטא ובין שלא נודע לו החטא, שעיר המשתלח מכפר.
משנה ז: לדעת תנא קמא החילוק בין כהנים לשאר העם הוא רק לענין טומאת מקדש וקדשיו, שהכהנים מתכפרים בדם הפר ושאר העם בשעירים, אבל על שאר עבירות שבתורה שעיר המשתלח מכפר, בין על ישראלים ובין על כהנים וכהן משוח. ולדעת רבי שמעון שעיר המשתלח מכפר רק על הישראלים, ואילו הכהנים מתכפרים בוידויו של פר.
פרק ב, משנה א: אופני השגגות בטומאת מקדש וקדשיו הם ארבע: א. שכח את הטומאה וזוכר הוא את הקודש. ב. שכח את הקודש ושכח את הטומאה. וכן אם שכח את שני הדברים. ג. שכח שהוא טמא וזוכר את המקדש. ד. שכח את המקדש וזוכר שהוא טמא. או ששכח את שניהם. בכל אלו מתכפר בקרבן עולה ויורד.
משנה ב: האיסור הכניסה למקדש הוא בין לעזרה עצמה, ובין לתוספת העזרה, והדרך להוסיף על העזרה [ועל העיר] היא במלך, ונביא, ואורים ותומים, ובסנהדרין של שבעים ואחד, ובשני קרבנות תודה, ובשיר. ובית דין מהלכים ושתי תודות אחריהם, וכל ישראל אחריהם. ולחם התודה הפנימי, הקרוב לבית דין, נאכל. והלחם החיצוני נשרף. אך אם לא עשו כן בעת הוספת העזרה, אין בה קדושה, והנכנס לשם פטור.
משנה ג: הנכנס למקדש כשהוא טהור, ונטמא, חייב לצאת מיד. ואם השתחוה שם, או שהה שיעור זמן של השתחואה, או שיצא בדרך הארוכה ולא בקצרה, חייב. אך אם יצא מיד בדרך הקצרה, פטור. ואם טעו בית דין והורו לו לצאת בארוכה, אין חייבים על כך פר העלם דבר של ציבור.
